手动变速箱操纵机构由以下组成：
1. 换挡杆以及档位传动机构。
2. 变速箱外部选档机构。
3. 变速箱内部选档机构以及互锁机构。

挂档机构包括档杆、档杆底座和档杆拉线。变速箱外部机构则由变速箱挂档和选档作用组成，变速箱内部机构则分为拨叉和互锁机构。互锁机构通常由多个钢柱组成。

操纵机构的工作原理是手动挂档杆，通过力传递到变速箱的选档机构，选档机构转动相应的拨叉从而完成换挡操作。变速箱的互锁机构则避免变速箱乱档和档位误挂。