现代瑞纳发动机故障灯的原因如下：

1. 尾气排放不达标：如燃油不良、三元催化器失效、进气管积碳过多、喷油器堵塞、氧传感器失效、发动机偶尔熄火等。这些会导致发动机的故障灯。其中，以油质不良导致的发动机故障灯最为频繁。

2. 发动机系统操作不良引起的故障灯：如油门踏板传感器、油门位置传感器、空气流量计、曲轴位置传感器等，或线路接触不良等。会导致发动机故障灯点亮。

3. 有些车辆变速箱系统故障也是由发动机故障灯指示的，如变速箱内部故障、打滑、温度过高等。