奥迪A6发动机故障灯亮的原因有以下几点：

1. 尾气排放不达标，如燃油不良，三元催化器失效，进气管积碳过多，喷油器堵塞，氧传感器失效，发动机偶尔熄火等。这些问题会直接影响发动机的故障灯亮起，其中油质差对发动机故障灯的影响最大。

2. 发动机系统运行不良导致的故障问题灯，如油门踏板传感器，节气门位置传感器，空气流量计，曲轴位置传感器等故障或线接触不良，都会影响发动机故障灯的点亮。

3. 有些车辆传动系统故障也会导致发动机故障灯的点亮，如变速器内部故障，打滑，高温等等。

建议及时进行维修和更换，以确保汽车的正常运行。