改造发动机会影响汽车年检流程，以下是具体操作流程：

1、达到考场后进行外观检测。业主需要将车辆停在外观检查专用场所，并准备车辆中的灭火器和三角警示牌。同时打开车辆发动机舱盖和后备厢，等待工作人员检查。

2、工作人员将取出两张表格，分别为机动车检查记录单和机动车安全技术检查合格证。进行车辆的车架号码、发动机号码等数据的记录，同时确认三角警示牌和灭火器等安全装置是否齐全。工作人员在表格外观这一项上签字。

3、进行在线检查，主要检查车辆的尾气、刹车、车灯、底盘等内容。只要车辆没有改装或故障，这些检查几乎都可以通过。