1. 电池和起动机的维护成本高：发动机频繁的启停会造成相关部件的损坏，比如起动机和电池。虽然装有自动启停系统的汽车基本都会使用改良型起动机和电池，但在实际使用中，其故障问题基本高于没有自动启停系统的普通汽车。

2. 用户体验差：不同品牌不同车型的自动启停系统设计不一定相同。有些车的启停逻辑不太好，介入时间不准。有时候长时间停车启停系统没有反应，收费站刷卡的时候却慢慢刹车，让它不请自来。此外，起步时的噪音和震动较大，也是车友们最为诟病的缺点之一。

3. 堵车耗油多：如果堵车严重，发动机会长时间停止工作，燃烧室温度下降，未燃烧的碳氢氧化物和石蜡会形成积碳，粘附在气缸内壁。如果油不好，情况会更严重。积碳会让油耗更高，动力更弱。这是一个自动启停功能，旨在降低油耗，但油耗反而增加了。

启停系统的工作原理是当车辆因拥堵或交叉路口而停车时。司机踩下刹车踏板，停下来换挡。此时启/停系统自动检查：发动机怠速，无挡位；防抱死系统的轮速传感器显示为零；电池的电子传感器显示有足够的能量用于下一次启动。满足这三个条件后，发动机会自动停止运转。当信号灯变绿时，驾驶员踩下离合器，然后启动“启停”，快速启动发动机。自动挡车型，只要松开刹车或者操作方向盘，发动机就会立刻自动点火，你踩油门就能立刻启动。整个过程基本处于D挡状态。