手动变速器操纵机构的作用是保证驾驶员能准确可靠地将变速器挂到所需档位，并随时退至空档位置。

变速器操纵机构按变速杆的位置可分为直接操纵式和遥控式。

直接操纵式变速器布置在驾驶座附近，变速杆从驾驶室地板伸出，驾驶员可以直接操作。例如，解放CA1091中型货车六速变速器的操纵机构采用这种形式。变速器的档位和排挡位置不同，换档拨叉和换档拨叉轴的数量和排列位置也不同。

遥控式操纵机构用于变速器离驾驶座较远的车辆，需要在变速杆和拨叉之间安装一些辅助杆或者一套传动机构，形成遥控机构。例如，桑塔纳2000的五挡手动变速箱的变速器安装在前驱动桥上，离驾驶座较远，所以需要这种控制方式。

自锁装置用于防止变速器自动换挡或换档，保证轮齿以全齿宽啮合；大多数变速器自锁装置都是用自锁钢球来轴向定位锁紧叉轴。

互锁装置用于防止两个齿轮同时啮合；联锁装置由联锁钢球和联锁销组成，在变速器处于空档时，所有拨叉轴的侧槽与互锁钢球和互锁销在一条直线上。当一个叉轴移动时，钢球嵌入该叉轴中的侧槽中，并将其与其他叉轴锁定在空档位置，从而防止两个档位同时接合。

反向锁定装置用于防止错误的倒档；倒档锁定装置是一种常见的锁销式反向锁紧装置，当驾驶员要挂倒档时，必须施加更大的力来推动锁销进入锁销孔，从而可以挂入倒档，起到警示作用，防止误挂倒档。