1. 油耗高，污染重。这是因为三角转子发动机没有往复式发动机的高压缩比，导致燃烧不能充分。虽然马自达曾经在转子发动机上增加了单涡轮和双涡轮，只是增加了输出马力，适度降低了尾气排放，但是仍然与往复式发动机存在很大差距。

2. 零件磨损严重，使用寿命短。由于三角转子发动机相邻腔室之间只有一个径向密封，径向密封始终与气缸体线接触，与气缸体接触的位置始终在变化，所以三个燃烧室没有完全隔离，径向密封磨损很快。发动机使用一段时间后，由于油封材料的磨损，容易造成漏气，大大增加油耗和污染。其独特的机械结构也使得这种发动机很难进行维护。

3. 缺乏一些标准。虽然转子发动机具有小排量高转速产生高输出的特点，但由于工作特性与往复式发动机的区别，各国在制定发动机排量相关的税收规则时，都以转子发动机的实际排量乘以二作为与往复式发动机的比较基准。比如马自达在日本拥有的转子发动机RX-8跑车，实际排量只有1308立方厘米，但在日本却以2616立方厘米的排量作为税级计算的依据。