如果摩托车的发动机进水，会影响发动机熄火，同时再次启动会严重损坏发动机。因为发动机能够压缩空气，但却不能压缩水。所以，一旦发动机进水，切勿再次启动，以免发动机遭到严重损坏。

摩托车发动机的工作原理与汽车发动机类似，都使用的是四冲程汽油发动机。四冲程发动机包括四个工作冲程：吸气冲程、压缩冲程、做功冲程和排气冲程。当发动机处于不同的工作冲程时，进气门和排气门会根据需要打开或关闭。燃烧着的可燃混合气可以推动活塞，最终输出动力。

一些摩托车也使用二冲程发动机，但相比四冲程发动机，二冲程发动机只有两个工作冲程，因此转速较高。