本田飞度发动机抖动的原因如下：

1. 发动机积碳严重，汽车抖动最常见的原因是节气门太脏或者喷油器积碳太多。当发动机积碳过多时，冷启动喷油器喷出的汽油会被积碳吸收。

2. 发动机缺缸：发动机缺缸主要是指发动机的一个或多个气缸工作不正常，表现为汽车排出的废气气流有明显的间歇性，排气管抖动严重，以至于能明显感觉到发动机抖动，有时还伴有突然的响声。这大多与点火线圈故障有关。

3. 发动机的可燃混合气有时稀有时稠，导致冷启动后怠速抖动。气温越低，冷启动需要的油量越大，积碳越多会影响冷启动的成功。