新款Q5的发动机是用大众旗下的EA888发动机，分1.8T和2.0T。新款的车，发动机已经更新到第三代，比原来的一二代发动机改进了很多。冷却液用电子水泵循环，活塞和活塞换，气门弹簧都有了改进，不会像以前老款的发动机那么容易出问题。而且新款的发动机，进排气都有可变正时调节，使进气和排气效率更高。烧机油方面得到很大的改进，正时链条改进后不容易拉长。总体而言发动机还是非常耐用的。